都市更新的辦理程序主要分為三個階段：

第一階段：擬訂更新事業概要。 

需取得基地內超過一半所有權人及面積的同意，提出「事業概要」並召開公聽會，主要目的是確定更新單元的範圍。

第二階段：擬訂更新事業計畫。

進一步整合所有權人，取得更高同意比例（通常需2/3以上，部分情況需3/4或4/5），確定都更案的實施者、擬定詳細的事業計畫(包含建築設計內容、容積獎勵以及財務計畫等) 

第三階段：權利變換計畫。

針對更新前後的權利價值、分配、成本等進行規劃與審查，包含權利價值的估價、選配程序以及更新成本的提列。

在同意比例符合規定下，第二、三階段的計畫可以一併辦理。整個流程所需時間因案件複雜度及地主整合意願而異，前期整合階段可能耗時數月至數年。