地主與建商合作的兩種主要方式為協議合建和權利變換。兩者都是為了重建老舊房屋，就兩者的主要差別整理成表格：

協議合建與權利變換比較表

項目 協議合建 (私法關係) 權利變換 (公法關係)
法律性質 私法契約 (民事契約關係)，類似地主與建商的合作造屋、合夥分屋。 行政處分 (公法關係)，受《都市更新條例》規範，需經政府審核核定。
同意比例 原則上需所有權人100%同意才能進行分屋。若無法達100%，則不同意者可能被排除或轉為權利變換。 多數決機制，無需100%同意。依不同案件類型有不同門檻（如80%、75%、50%等）。
分配方式 依合建契約約定，通常以「分屋比例」或「回饋坪數」為主。地主與建商自行協議。 透過不動產估價師專業估價，將更新前後的土地、建物及共同負擔等換算為「權利價值」，再依權利價值比例分配更新後的房地或找補價金。
估價機制 私下協議，由建商與地主自行協商。 須由三家以上專業不動產估價師查估，並經政府都更審議會審核。
政府角色 不直接介入私契內容，僅就建照、使照等建築管理程序進行審查。 全程監督與審核，從事業計畫、權利變換計畫的擬訂到核定，都需經政府審議，確保公平性。
稅賦優惠 僅適用於一般新建物的稅賦，部分都市更新的稅捐減免不適用。 享有多項稅捐減免，例如：土地增值稅、契稅減免。地價稅、房屋稅減半徵收（更新期間免徵，更新後減半兩年；若未移轉產權，房屋稅減免可再延長10年）。
共同負擔 通常在合建契約中約定 共同負擔項目與金額需經政府審議核定，且各項費用公開透明，例如工程費、規劃費、估價費、管理費、貸款利息等。
時程 通常時程較快（若整合順利），因為較少政府行政程序。 時程較長，因需經過多重政府審核、公聽會、公開展覽等行政程序。
風險 需慎選建商。若有不同意戶，整合難度高且可能延宕。 政府把關，財務透明度高。有專業估價機制，減少分配爭議。具多數決強制性，較不易因少數人阻撓。
彈性 較高，地主可與建商個別協商分配條件。 較低，分配原則依估價報告及權利變換計畫，受法令規範限制，協商彈性空間較小。